Die Burg, die als Wahrzeichen der Stadt gilt, wurde erstmals 988 in einer Urkunde Ottos III. als Meresburg genannt und geht vermutlich auf eine merowingische Befestigung am Fähr-Übergang der wichtigen Straßenverbindung vom Oberschwaben über Konstanz in die Schweiz zurück.

Die Königsburg, zu der vermutlich bereits eine kleine Siedlung gehörte, war seit der Mitte des 11. Jahrhunderts in der Hand von königlichen Lehnsträgern, die sich nach ihr nannten, und ging dann in den Besitz der Bischöfe von Konstanz über, die es als Lehen an die Grafen von Rohrdorf ausgaben. Aus dieser Zeit stammen wohl auch die ältesten Bauteile.

Nach dem Aussterben der Grafen 1210 blieben Burg und Siedlung im unmittelbaren Besitz des Bischofs. Der 1268 in Neapel hingerichtete Stauferkönig Konradin verbrachte seine letzten Lebensjahre hier.

Die Siedlung entwickelte sich vor allem oberhalb der Burg, im Bereich der späteren Oberstadt, die 1233 Marktrecht, vor 1260 eine Mauer und 1299 unter dem Konstanzer Bischof Heinrich von Klingenberg das Stadtrecht nach Ulmer Vorbild erhielt. Im selben Jahr wurde die unterhalb der Burg gelegene Siedlung am Seeufer durch Aufschüttung so erweitert, dass Raum für einen großen Marktplatz und die Erweiterung der Siedlung zur Unterstadt entstand. Im Jahr 1334 wurde die Stadt von Kaiser Ludwig dem Bayer erfolglos belagert.

Auseinandersetzungen der Bürgerschaft mit dem bischöflichen Stadtherren um die Ausgestaltung der Stadtverfassung („Stadtrechtskämpfe“) endeten 1458 mit der Niederlage der Bürger. Der Bürgermeister Simon Weinzürn wurde 1461 ohne richterliches Urteil im Bodensee ertränkt. Ein Konstanzer Chronist schildert die Tötung Weinzürns so: „… Hier musste er sich außerhalb des Schiffs auf ein (über den Bordrand gelegtes) Brett setzen, während der bischöfliche Vogt sich innerhalb setzte. An tiefer Stelle angelangt, stand der letzterer dann auf und der letzte fiel mit dem Brett in den See und ertrank.“ Das Amt des Bürgermeisters wurde abgeschafft.

Im Jahr 1509 wurde das Alte Schloss ausgebaut sowie in der Unterstadt der Getreidespeicher („Gredhaus“) und der Hafen gebaut.

1526 siedelte der bischöfliche Hof des Bischofs Hugo von Hohenlandenberg aus dem evangelisch gewordenen Konstanz hierher über. Erst 1575 wurde das Amt des Bürgermeisters wieder eingeführt.

Die Schweden und Württemberger plünderten Meersburg in den Jahren 1618 bis 1648 des Dreißigjährigen Krieges. Durch die Pest in den Jahren 1635/36 und 1646 schrumpfte die Meersburger Bevölkerung auf ein Sechstel. An diese Zeit erinnert der Fasnachtsbrauch des „Schnabelgiere“ sowie die „Gesellschaft der Hundertein Bürger“ (Gedenkstein an der Ostseite der Stadtkirche).

Die Burg Meersburg war bis zur Fertigstellung des Neuen Schlosses 1750 ständige Wohnung des Bischofs. Vor allem das 18. Jahrhundert prägte mit dem Bau aus Neuem Schloss (nach 1712), Priesterseminar (1732-35) und Reit- oder Stallhof (ab 1751) das barocke Panorama Meersburgs am Steilufer zum Bodensee.

Kardinal Franz Konrad von Rodt und sein Nachfolger (und Bruder) Maximilian Christoph von Rodt residierten bereits im Neuen Schloss. Meersburg blieb Residenz des Bischofs bis zur Aufhebung des Bistums 1803.

Nach dem Übergang des Bistums Konstanz an Baden im Reichsdeputationshauptschluss 1803 war Meersburg bis 1807 Hauptstadt des Oberen Fürstentums am See, 1803 bis 1857 Hauptort des Amtsbezirks Meersburg und 1814 bis 1836 Sitz des Hofgerichts des badischen Seekreises (in der Burg).

Teile der Stadtbefestigung wurden 1820 bis 1845 abgerissen. Das Alte Schloss selber wurde 1838 durch Freiherr Joseph von Laßberg erworben und so vor dem Abriss bewahrt.

Die Burg Meersburg beherbergt heute ein Museum mit spätgotischen und barock stuckierten Innenräumen und einer im 20. Jahrhundert zusammengetragenen Einrichtung und gilt als „älteste, vollständig erhaltene und bewohnte Burg Deutschlands“.

Außerhalb der Stadt befindet sich, wenige Schritte vom Obertor in den Weinbergen, das Fürstenhäusle, ein ehemaliges, um 1600 erbautes Rebhaus, welches Annette von Droste-Hülshoff von 1843 bis 1848 gehörte. Zu Beginn des 20. Jahrhunderts wurde es durch einen rückwärtigen Anbau wesentlich erweitert. Im unverändert erhaltenen Vorderteil befindet sich ein Museum, welches an die Dichterin erinnert.

Der Hafen wurde 1850 für Dampfschiffe umgebaut, 1870 die Seepromenade ausgebaut, 1921 die Altstadt elektrifiziert, 1928 Meersburg als Hafen für die Autofähre nach Konstanz empfohlen und durchgesetzt und 1933 mit dem Bau des Strandbades begonnen.

In der zweiten Hälfte des 20. Jahrhunderts wurden Umgehungsstraßen (Töbelestraße, B 31 Ortsumgehung) und Großparkplätze angelegt, die Altstadt unter Denkmalschutz gestellt und saniert, die Infrastruktur verbessert (Kindergarten, Schule, Seglerhafen, Therme) und die kulturelle Ausstrahlung verstärkt (Kulturamt, Knabenmusik, Städtische Galerie, Droste-Preis, internationale Konzerte).

Im Jahr 1972 wurde die Gemeinde Baitenhausen-Schiggendorf in die Stadt Meersburg eingemeindet.

Wappenbeschreibung: In Gold über blauem Wellenschildfuß eine rote Burg mit Zinnenturm, beiderseitigem Pultdach und offenem Tor. Das Wappen ist ein sogenanntes sprechendes Wappen, das die Namensbestandteile „Meer“ und „Burg“ darstellt.