Meersburg war seit 1551 nicht nur Verwaltungssitz des (weltlichen) Fürstbistums Konstanz, sondern bis zur Teilung in die Diözesen Freiburg und Rottenburg 1827 auch des geistlichen Bistums Konstanz. War Meersburg also auch nach der Reformation zunächst katholisch, so finden sich heute auch andere Konfessionen am Ort. Neben einer römisch-katholischen Gemeinde gibt es auch eine evangelische und eine neuapostolische Gemeinde, sowie die Zeugen Jehovas.

Die katholische Stadtkirche befindet sich am höchsten Punkt der Oberstadt. An der Stelle des Turms der katholischen Pfarrkirche befand sich früher ein Turm der Stadtbefestigung. Die Pfarrkirche selber wurde 1827 bis 1829 erbaut.

Die barocke Schlosskapelle befindet sich (vom Schlossplatz aus gesehen) im linken Teil des Neuen Schlosses und ist nur vom Schlossplatz her durch eine Holzpforte zugänglich. Sie wurde unter Fürstbischof Damian Hugo Graf von Schönborn (Regierungszeit von 1740 bis 1743) errichtet und dient seit 1864 als evangelische Stadtpfarrkirche. Interessant ist die "Fürstenloge", von der der Fürstbischof den Gottesdienst verfolgen konnte, ohne das Neue Schloss zu verlassen. In der anfänglichen Planung war der Gebäudeteil als Pferdestall vorgesehen, wurde dann aber für den Bischof und den Hofstaat umgebaut. Der Pferdestall wurde weiter in östlicher Richtung mit dem Reithof gebaut. Die Architektur geht auf Balthasar Neumann zurück.

Meersburg blieb im Zweiten Weltkrieg unzerstört. Die Bevölkerungszahl wurde aber durch die im Krieg gefallenen Einwohner und durch den Zuzug von Flüchtlingen beeinflusst.

In der zweiten Hälfte des 20. Jahrhunderts verdoppelte sich dann die Zahl der Einwohner von 2600 im Jahr 1950 auf 5500 Einwohner im Jahr 2006.