Die Geschichte der Stadt Emden beginnt um das Jahr 800. In dieser Zeit wurde an der Mündung der Ems eine friesische Handelssiedlung gegründet. Die erste urkundliche Bezeugung der Emder Seefahrt stammt aus dem Jahre 1224, als ein Emder Handelsschiff in London erwähnt wird. Bis in jene Zeit handelte es sich lediglich um eine kleinere Siedlung, die auf einer Warft angelegt war.
Der Name der Stadt rührt von der Einmündung des Flüsschen Ehe (oder Aa) her, der damals auf dem heutigen Gebiet der Stadt in die Ems mündete. Aus der Lage an dieser Mündung (regional Muhde genannt) ergab sich der Name Amuthon, aus dem im Mittelalter zunächst Emuthon, dann Embden und schließlich Emden wurde. Andere Quellen sagen, dass der Name von der Mündung der Ems in die Nordsee her rührt und eine Kurzform für Emsmünden ist.
Im 14. und 15. Jahrhundert geriet die Handelsstadt Emden in stetige Konflikte mit der mächtigen Hanse, da von Emden und anderen Orten in Ostfriesland wie Marienhafe aus die Seeräuber um Klaus Störtebeker unterstützt wurden. Folge dieses Konfliktes war die mehrfache Besetzung Emdens durch hanseatische (vor allem hamburgische) Kräfte. Die Hamburger zogen erst 1447 endgültig wieder aus Emden ab.
Der Übergang vom Mittelalter zur frühen Neuzeit kann für Emden auf das Jahr 1495 datiert werden: In jenem Jahr verlieh König (später Kaiser) Maximilian I. der Stadt Emden ihr Stadtwappen: das Engelke up de Muer (Engelchen auf der Mauer), das noch heute das Wappen der Stadt ziert. Zugleich wurde der Stadt das Stapelrecht eingeräumt, das heißt, dss alle Schiffe, die auf der Ems an Emden vorbeifuhren, zunächst drei Tage lang ihre Waren in der Stadt feilzubieten hatten. Von diesem Privileg profitierte Emden bis zur Abschaffung des Stapelrechts im 17. Jahrhundert. Ein herber Rückschlag für den Emder Handel ereignete sich in Gestalt der Cosmas- und Damian-Flut 1509: Verlief die Ems bis zur Flut noch in einem nordwärts geschwungenen Bogen an der Stadt vorbei, so suchte sie sich nach der Sturmflut einen geradlinigen Weg in den Dollart und weiter zur Nordsee: Der Emder Hafen drohte langsam, aber sicher zu verlanden. Die Freihaltung des Fahrwassers gestaltete sich schwierig und kostspielig.
Nichtsdestoweniger entwickelte sich Emden in den folgenden Jahrzehnten zu einer blühenden Stadt. Dies war zum einen der Tätigkeit der Emder Kaufleute und Reeder geschuldet, in der zweiten Hälfte des 16. Jahrhunderts aber vor allem einer politischen Entwicklung: dem Unabhängigkeitskampf der Niederländer gegen die Spanier im Achtzigjährigen Krieg. Von den Spaniern vertriebene und verfolgte Kaufleute, Reeder und Handwerker siedelten sich in der nächstgelegenen neutralen Hafenstadt an – und das war Emden.
Die neuen Handelsverbindungen, die die Niederländer quasi mitbrachten, bedeuteten für Emden zeitweise den Aufstieg zu einer der wichtigsten Hafenstädte Nordeuropas. Zugleich entwickelte sich Emden durch das Wirken Johannes á Lascos und weiterer reformierter Theologen zu einer wichtigen Stadt des Calvinismus, was Emden zeitweise den Beinamen „Genf des Nordens“ eintrug. Der Reichtum der Stadt um 1600 erlaubte es, die Ems durch einen Leitdamm wieder in das alte Flussbett zurückzuführen. Der Damm hielt bis 1616. In jener Phase wurde zudem der Emder Wall angelegt, der die Seehafenstadt als einzigen Ort in Ostfriesland vor der Einnahme durch Truppen im Dreißigjährigen Krieg bewahrte. Darüber hinaus wurde eine Vielzahl von Bauwerken errichtet – sakrale wie profane. Zu nennen sind hier vor allem das Rathaus (1574–1576), das Hafentor (1635) und die reformierte Neue Kirche (1643).
Ausdruck des bürgerlichen Selbstbewusstseins jener Zeit war die Emder Revolution von 1595, in deren Zuge der ostfriesische Graf Edzard II. in die Nachbarstadt Aurich vertrieben wurde. Der 1604 zum Stadtsyndikus berufene Rechtsgelehrte Johannes Althusius stärkte in den folgenden Jahrzehnten noch die Stellung der Stadt, insbesondere gegenüber den Grafen und den Nachbarstädten. Emden war zu jener Zeit zwar nicht de jure eine freie Reichsstadt. Mit den Niederlanden als Schutzmacht im Rücken und weitgehender Unabhängigkeit vom ostfriesischen Grafenhaus war Emden allerdings de facto eine freie Reichsstadt. Kappelhoff (1994, s. Literatur) hat dafür den Begriff quasiautonome Stadtrepublik geprägt.
Nach dem Ende des Dreißigjährigen Krieges und der Rückkehr der Niederländer zeigte sich, dass die Boomphase vorbei war. Die Rückkehr der Exilanten und mit ihnen die Handelsverbindungen und das Kapital führten zu einem empfindlichen Aderlass im Emder Seehandel. Das Engagement des Kurfürstentums Brandenburg, das an der Hafenstadt als Basis für überseeische Expeditionen ein reges Interesse hatte, änderte daran nicht viel. Der Emder Ostasiatischen Handelskompanie des Kurfürstentums war nur ein kurzes Leben beschieden. Gleichwohl war die Stadt die treibende Kraft hinter der Annexion Ostfrieslands durch Preußen im Jahre 1744, als der letzte ostfriesische Graf kinderlos gestorben war. Die preußischen Jahre brachten einen – wenn auch bescheidenen – wirtschaftlichen Aufschwung.
In der Zeit der Napoleonischen Kriege gehörte Emden – wie die ganze ostfriesische Halbinsel – zeitweise zum Königreich der Niederlande, später zum Kaiserreich Frankreich. Nach dem Wiener Kongress trat Preußen schließlich Emden und Ostfriesland an das Königreich Hannover ab – als Ausgleich für den Erwerb ehemals polnischer Landstriche. Die Hannoversche Zeit brachte der Stadt – vom Bau der Hannoverschen Westbahn 1854/1856 abgesehen – nur wenige wirtschaftliche Impulse.
1885 wurde die Stadt Emden im Zuge der preußischen Gebietsreform aus dem Kreis Emden ausgegliedert und somit zur kreisfreien Stadt.
Dies änderte sich nach den deutschen Einigungskriegen rapide. Die Autarkiebestrebungen des Deutschen Reiches in der zweiten Hälfte des 19. Jahrhunderts und der sich abzeichnende Aufstieg des Ruhrgebietes zum industriellen Ballungszentrum eröffneten dem Emder Seehafen neue Chancen, war er doch vom Ruhrgebiet aus der nächstgelegene inländische Seehafen. Die Transportwege gen Süden wurden vor allem durch den Bau des Dortmund-Ems-Kanals und weiterer Kanäle deutlich verbessert. Durch großzügige Einpolderungen im Bereich des Hafens entstanden Flächen, auf denen in den folgenden Jahrzehnten Industriebetriebe angesiedelt wurden. Der wichtigste war zu jener Zeit die 1903 gegründeten Nordseewerke. Weitere, wichtige Infrastrukturmaßnahmen dieser Jahrzehnte waren der Bau der Nesserlander Schleuse (Inbetriebnahme 1888) und vor allem der Großen Seeschleuse (1913), zu jener Zeit die weltgrößte ihrer Art mit einer Binnenlänge von 260 Metern Länge. Damit wurde der vorher tideabhängige Emder Hafen für große Schiffseinheiten erreichbar. Kohle aus dem Ruhrgebiet und Eisenerz retour waren die wichtigsten Umschlagsgüter jener Zeit. 1882 wurde die erste Kabelverbindung zwischen Deutschland und den USA von Emden nach Coney Island/New York City in Betrieb genommen. Außerdem war die Emder Heringsfischerei zu jener Zeit von großer Bedeutung. Die Nordseewerke bauten im Ersten Weltkrieg eine Vielzahl von Schiffen für die Reichsmarine.
Die Zeit zwischen den Weltkriegen war in Emden – korrespondierend mit der Entwicklung in der Weimarer Republik – von wirtschaftlichen Nöten im Zusammenhang mit der Inflation von 1923 und der Weltwirtschaftskrise nach 1929 geprägt. 1928 wurde das Emder Stadtgebiet durch Eingemeindung der Vororte Borssum und Wolthusen erweitert. Auch die Machtergreifung der Nationalsozialisten, die Deportation von Juden und die Ausschaltung politischer Gegner erfolgte ähnlich rasch wie anderenorts im Deutschen Reich. Durch das Aufrüstungsprogramm Nazi-Deutschlands wurden auf den Werften eine Vielzahl von Militärschiffen gebaut, während des Krieges vor allem U-Boote. In der Nacht vom 9. auf den 10. November 1938 beteiligten sich Emder SA-Truppen an den von der Reichsleitung der Nationalsozialisten befohlenen Ausschreitungen gegen die Juden, die später als Reichskristallnacht oder Novemberpogrome 1938 bezeichnet wurden. Die Synagoge wurde niedergebrannt und alle männlichen Juden über Oldenburg in das Konzentrationslager Sachsenhausen deportiert, aus dem sie erst nach Wochen zurückkehren konnten. Die Diskriminierung hielt weiter an. Ende Januar 1940 führte eine Initiative ostfriesischer Landräte und des Magistrats der Stadt Emden zu der Weisung der Gestapo-Leitstelle Wilhelmshaven, wonach Juden Ostfriesland bis zum bis zum 1. April 1940 verlassen sollten. Die ostfriesischen Juden mussten sich andere Wohnungen innerhalb des deutschen Reiches (mit Ausnahme Hamburgs und der Linksrheinischen Gebiete) suchen. 1941 gehörte Emden zu den ersten 12 Städten im Reich, aus denen Juden in den Osten deportiert wurden. Die letzten jüdischen Einwohner wurden 1942 deportiert.
Im Zweiten Weltkrieg erfolgten eine Reihe von Luftangriffen auf die wichtige Industrie- und Hafenstadt, die zunächst jedoch keine großen Zerstörungen anrichteten. Dies änderte sich am 6. September 1944 – bis heute der Tag der größten Katastrophe in der Geschichte Emdens. Alliierte Bombereinheiten zerstören rund 80 Prozent der Innenstadt und damit fast die gesamte historische Bausubstanz der vergangenen Jahrhunderte. Alliierte Bodentruppen erreichten die Stadt Anfang Mai 1945. Im Laufe des Krieges fielen 2127 Emder Soldaten. Zudem wurden 408 Emder Bürger, Zwangsarbeiter und Wehrmachtsangehörige bei Bombenangriffen getötet. Während der NS-Zeit wurden 465 jüdische Bürger ermordet.
Der Wiederaufbau der stark zerstörten Stadt zog sich bis in die frühen 1960er Jahre hin – noch zu Beginn jenes Jahrzehnts gab es in der Stadt Barackenlager, in denen ausgebombte Personen wohnten – zumal die Stadt trotz der Zerstörungen Flüchtlinge aus den ehemaligen deutschen Ostgebieten aufgenommen hatte. Auf Druck der Besatzer wurden bereits 1945/46 die Vororte Larrelt, Uphusen und Harsweg nach Emden eingemeindet.
Das Wirtschaftswunder ging an der Stadt dennoch nicht vorbei: So wurden nach der Genehmigung durch die Besatzungsmächte bereits Anfang der 1950er Jahre wieder Seeschiffe auf den Werften gebaut. Die bis heute wichtigste Industrieansiedlung erfolgte mit der Grundsteinlegung 1964: das Volkswagenwerk Emden. Hier wurde ab 1965 der VW Käfer produziert, seit 1977 der VW Passat. Mit der Kommunalreform des Jahres 1972 wurde das Emder Stadtgebiet erheblich erweitert und erreichte seine heutige Größe. Die heutigen Stadtteile Wybelsum, Logumer Vorwerk, Twixlum, Petkum, Widdelswehr und Jarßum kamen hinzu. Darunter befand sich neben ausgedehnten landwirtschaftlichen Flächen das heutige Industriegebiet Rysumer Nacken an der Knock, wo seit 1977 Erdgas aus norwegischen Nordsee-Feldern angelandet wird.
Der Wiederaufbau der Stadt und die Versorgung mit Wohnungen war Ende der 1960er Jahre im Wesentlichen abgeschlossen, wozu der Bau von höhergeschossigen (bis zu elf Etagen) Mietshäusern beitrug – vornehmlich durch den gewerkschaftseigenen Konzern Neue Heimat. Beginnend in den 1970er Jahren, wurde die kulturelle Infrastruktur der Stadt erheblich ausgebaut: Es entstanden das Neue Theater, die Nordseehalle, die Fachhochschule und weitere Einrichtungen. In den 1980er Jahren kam unter anderem die Kunsthalle hinzu, in den 1990ern die Johannes-a-Lasco-Bibliothek.
Der Rat der Stadt besteht aus 42 Ratsfrauen und Ratsherren. Hinzu kommt als stimmberechtigtes Mitglied kraft Amtes der Oberbürgermeister. Die Stadt Emden ist seit Jahrzehnten eine Hochburg der SPD.
Der seit 1986 amtierende, zunächst ehrenamtliche und seit 1998 hauptamtliche Oberbürgermeister von Emden ist Alwin Brinkmann von der SPD. Seit der Kommunalwahl im September 2006 ist er der dienstälteste Oberbürgermeister Niedersachsens.
Vom Ende des Zweiten Weltkrieges bis zur Kommunalwahl 2001 hatte die Sozialdemokratische Partei Deutschlands – mit Ausnahme einer kurzen Periode in den 1950er Jahren – stets eine absolute Mehrheit der Stimmen bei den Wahlen zum Rat der Stadt. Diese Mehrheit lag teils bei mehr als 60 % der abgegebenen, gültigen Stimmen. Die Kommunalwahl 2001 konnte daher als kommunalpolitische Zäsur begriffen werden, da die Emder SPD „nur“ noch 39,5 % der Stimmen erhielt. Zugleich erreichte die Emder FDP mit knapp 24,3 % eines der besten Wahlergebnisse der Partei in ganz Deutschland. Bei der Kommunalwahl im September 2006 eroberten die Sozialdemokraten jedoch die Mehrheit zurück. Die FDP verlor bei dieser Wahl zwar deutlich, liegt mit dem Ergebnis aber immer noch über dem Landesdurchschnitt der Partei bei der Wahl. Umgekehrt schnitten die Christdemokraten im Landesvergleich deutlich unterdurchschnittlich ab.
Das amtliche Endergebnis der Kommunalwahl am 10. September 2006 (mit Vergleichszahlen zur Kommunalwahl vom 9. September 2001):
Der Landtagswahlkreis Emden/Norden besteht aus der Stadt Emden sowie der Stadt Norden und den Gemeinden Krummhörn, Hinte und Hage im Landkreis Aurich. Bei der Landtagswahl am 27. Januar 2008 kam dieser Wahlkreiszuschnitt erstmals zum Tragen. Bei der vorangegangenen Landtagswahl bestand der Wahlkreis lediglich aus Emden, Hinte und der Krummhörn. Der Landtag hatte während der Legislaturperiode 2003 bis 2008 jedoch die Verkleinerung des Landtags um 20 Abgeordnete beschlossen, womit der Wahlkreis Norden wegfiel.
Im Niedersächsischen Landtag (Wahlperiode bis 2013) sind seit derzeit zwei Abgeordnete aus dem Wahlkreis vertreten. Das Direktmandat gewann bei der Wahl 2008 der Sozialdemokrat Hans-Dieter Haase. Er ist seit 1998 Mitglied des Landtages. Über die Landesliste seiner Partei zog der FDP-Abgeordnete Roland Riese zum zweiten Mal in den Landtag ein. Der im Herbst 2005 als Nachrücker in den Landtag eingezogene Christdemokrat Reinhard Hegewald verlor sein Mandat: Bei der Direktwahl unterlag er, und sein Listenplatz reichte nicht für den Einzug in den Landtag. Das Zweitstimmenergebnis der SPD von 41,8 % war das beste dieser Partei in den 87 niedersächsischen Wahlkreisen.
Bei der Landtagswahl 2008 ergaben sich folgende Verhältnisse:
Der Bundestagswahlkreis Aurich/Emden umfasst die Stadt Emden und den Landkreis Aurich. Bei der jüngsten Bundestagswahl im Herbst 2005 wurde der Sozialdemokrat Garrelt Duin direkt gewählt. Mit einem Zweitstimmen-Ergebnis von 55,9 % gelang der SPD im Wahlkreis Aurich/Emden das beste Ergebnis in Deutschland. Außerdem wird der Wahlkreis von dem Bündnisgrünen Thilo Hoppe aus Aurich vertreten. Dieser zog bei der Wahl über die Landesliste in den Bundestag ein.
Bei der Bundestagswahl 2005 ergaben sich folgende Ergebnisse:
Das Emder Wappen wurde der Stadt im Jahre 1495 nach langem Bitten und Zahlung von hohen Gebühren von König Maximilian I. verliehen. Das Wappen trägt den Namen „Engelke up de Muer („Engelchen auf der Mauer“) und ist in den Stadtfarben (Gold, Rot, Blau) gehalten.
Die blauen Wellen ganz unten symbolisieren Emdens Verbundenheit und Nähe zur Ems, die damals noch direkt an der Stadt vorbei floss. Die Mauer in der Mitte steht für die Sicherheit und den Schutz, den Emden bot, sowohl durch die Emsmauer, welche Emden von der Ems trennte, als auch für die riesige Wallanlage die rings um die Stadt verläuft. Der goldene Engel ist dem ehemaligen Wappen der Cirksena-Familie nachempfunden, der damals herrschenden Adelsfamilie der Stadt. Dabei handelt es sich nicht etwa um einen „echten“ Engel, sondern um eine Harpyie, einen weiblichen Unheilsdämon mit Flügeln und Krallen aus der griechischen Mythologie, in der Heraldik auch als „Jungfrauenadler“ bekannt.
Mit folgenden Städten ist Emden eine Städtepartnerschaft eingegangen:
Von 1990 bis 2008 bestand zudem eine Partnerschaft mit Prenzlau in Brandenburg. Diese diente vor allem der Hilfe bei der Reorganisation der Kommunalverwaltung in der Stadt nach der Wende und wurde inzwischen in beiderseitigem Einvernehmen aufgelöst.
Mit Archangelsk hingegen findet ein reger Austausch statt, insbesondere auf wissenschaftlichem Niveau mit der dortigen Universität. Die Partnerschaft mit Hillingdon soll wieder intensiviert werden. Außerdem haben mehrere Ratsmitglieder angeregt, eine Partnerschaft mit einer chinesischen Hafenstadt mit Fachhochschule einzugehen.
Emden ist zudem die offizielle Patenstadt der gleichnamigen Fregatte der Deutschen Marine. Das 1983 in Dienst gestellte Schiff ist das fünfte einer deutschen Marine, das diesen Namen trägt – und das erste, das auch in Emden gebaut wurde: bei den Nordseewerken.