Nach der Vereinigung beider deutscher Staaten 1990 erfolgte eine vollständige Umstrukturierung der Verwaltungsorgane der Stadt. Oberste Kommunalbehörde wurde die Stadtverwaltung mit dem Bürgermeister (heute: Oberbürgermeister), dem Stadtrat, Mitgliedern von Parteifraktionen, Ausschüssen und Ämtern mit Sachgebieten. 1993 trat die Sächsische Gemeindeordnung in Kraft.
Der Stadtrat setzt sich aktuell (Stand 2007) aus sieben Mitgliedern der CDU/FDP, fünf des Freien Bürgerforums Aue (FBA)/SPD, fünf der Linken, drei der Freien Wählervereinigung Aue (FWA) und zwei Mitgliedern aus der Liste der Unabhängigen (LdU) zusammen.
Seit dem 1. August 2008 wird das Stadtoberhaupt offiziell Oberbürgermeister genannt. Die folgende Tabelle zeigt die bisherigen Bürgermeister von Aue und ihre Amtszeiten.
Dem Oberbürgermeister stehen die Ausschüsse für Verwaltung, Stadtentwicklung, Kultur/Soziales/Schule und Sport und die Ämter Hauptamt/Liegenschaften, Finanzen, Beigeordneter, Ordnung/Umwelt, Bauen, Schule und Soziales sowie die Mitglieder des Sachgebietes Wirtschaftsförderung/Tourismus/Stadtmarketing zur Seite.
Bei der Bürgermeisterwahl am 17. September 2006 in der Gemeinde Stadt Aue des Landkreise Aue-Schwarzenberg waren 15.515 Personen wahlberechtigt. Die Wahlbeteiligung lag bei 41,5 % (6445 Stimmen). 88 Stimmen waren ungültig.
Als hauptamtlicher Bürgermeister wurde damit Franz Heinrich Kohl für eine zweite Amtsperiode gewählt.
Nach einer Kreis- und Gebietsreform in Sachsen wurden Anfang Juni 2008 gleichzeitig Neuwahlen zum Kreistag und zum Landrat durchgeführt. Von den 15.354 wahlberechtigten Auern gaben 3.648 (23,8 %) ihre Stimme ab. 1,2 % der Stimmen waren ungültig. Aus der kreisangehörigen Stadt Aue liegt folgendes Wahlergebnis für den Landrat vor:
Im zweiten Wahlgang wurde Frank Vogel mit 55,8 % der Stimmen als Landrat des Erzgebirgskreises gewählt.
Von den 15.362 Stimmberechtigten für die Kreistagswahl gaben 5.705 (37,1 %) ihre Stimmen ab. 212 Stimmen (3,7 %) waren ungültig. Aus der kreisangehörigen Stadt Aue im Wahlkreis Aue-Schwarzenberg liegt folgendes Wahlergebnis für den Kreistag vor:
Zu DDR-Zeiten bestanden Partnerschaften mit der italienischen Stadt Genua, mit der 1963 ein gemeinsames Freundschaftskomitee gegründet und Delegationen ausgetauscht wurden, und seit 1983 mit der bulgarischen Stadt Panagjurischte im Bezirk Pasardshik, nach der bis 1990 die Bockauer Straße benannt war. Die beiden Partnerschaftsverträge wurden nach dem Ende der DDR nicht verlängert.
Die Partnerschaft mit der nordrhein-westfälischen Stadt Solingen geht auf bereits in den 1950er Jahren geknüpfte Verbindungen zwischen den damaligen Sportorganisationen BSG Aufbau Aue-Bernsbach und SV Jahn 09 aus Solingen zurück. Am 26. April 1990 wurde auf kommunaler Ebene ein Vertrag geschlossen, mit dem freundschaftliche Beziehungen und die Zusammenarbeit auf allen Ebenen des gesellschaftlichen und kulturellen Lebens gefördert werden sollen. Besonders erwähnenswert ist die umfassende und schnelle Hilfe der Partnerstadt nach dem Hochwasser im Jahr 2002, als eine Spende in Höhe von 300.000 Euro bereitgestellt und Unterstützung auch auf privater Ebene geleistet wurde.
Seit dem 30. November 2003 besteht eine Partnerschaft mit der tschechischen Stadt Kadan, mit der eine vielfältige Zusammenarbeit auf kommunaler und betrieblicher Ebene und in den Bereichen Tourismus, Kultur, Sport und Bildung angestrebt wird.
Das Auer Wappen geht auf eine erste bekannte Version aus dem Jahr 1629 zurück, das eine einfache Holzbrücke mit Geländer über angedeutetem Wasser darstellte. Mit dem Beschluss Nr. 478 des Auer Stadtrats vom 24. März 2004 wird das seit 1895 gebräuchliche Wappen wie folgt blasoniert: „In blau auf gewellter silberner Wasserfläche in Form eines Wellenschildfußes übereinander zwei goldene Holzbrücken mit je zwei roten Fähnchen auf dem Geländer.“ Damit werden die beiden hölzernen Brücken über die Mulde (Sandbrücke) und das Schwarzwasser (Zellbrücke) symbolisiert. Diese waren seit Anfang des 16. Jahrhunderts neben Furten die einzigen Verkehrsverbindungen über die Flüsse und vor allem für den Bergbau und das Hüttenwesen bedeutsam. Obwohl diese Brücken im 18. Jahrhundert durch steinerne ersetzt wurden, blieben die hölzernen im Wappen erhalten.
→ siehe auch: Geschichte der Stadt Aue
Die in Aue und in den Anhöhen der Umgebung vorhandenen Vorkommen von Granit, Phyllit, Schiefer, Andalusitglimmerfels, Rotgneis, Bleierzformationen, Wismut-Kobalt-Nickel-Silber-Formationen und Skarn mit den Hauptbestandteilen Eisen, Zinn, Kobalt und Uran bildeten die Basis für ein umfassendes Montanwesen in der Stadt. Zu den wichtigsten Abbauprodukten in Aue zählten zunächst Eisenerze, ab dem 17. Jahrhundert Zinnerze, Kaolin, Kobalterze und im 20. Jahrhundert Uranerze. Die bedeutenden Auer Fabriken Nickelhütte und Halbzeugwerk Auerhammer sowie einige Wohnviertel haben ihren Ursprung in diesem Industriezweig.
Das Klöppelhandwerk, das im 16. Jahrhundert durch Zugewanderte in das Erzgebirge kam, entwickelte sich in Hausmanufakturen und Heimatstuben. Die Klöppelspitzen fanden im Lauf der Jahrhunderte immer mehr Abnehmer in ganz Europa. Das Klöppeln wird heute als Volkskunst in kleinen Manufakturen und Klöppelstuben betrieben. Einige Schulen im Erzgebirge, etwa die Schule für geistig Behinderte auf dem Brünlasberg vermitteln das Handwerk als Unterrichtsfach. In Webereien, Tuch- und Maschinenfabriken wurden Textilien in größerem Umfang produziert oder verarbeitet bzw. entsprechende Maschinen hergestellt.
Wie in anderen Erzgebirgsorten schnitzten Bergleute zunächst als Feierabendbeschäftigung kleine Figuren wie Engel oder Bergleute in historischer Paradetracht. Diese wurden im Verwandten- und Freundeskreis verschenkt. Anfang des 20. Jahrhunderts entstand daraus ein eigener Kunstgewerbezweig.
Nach dem Ende des Uranerzbergbaus 1991 begann die neu gegründete Wismut-Entwicklungsgesellschaft (später Wismut GmbH) mit der Sanierung und der Umsetzung von Halden und der Beseitigung von Spätfolgen der Anlage von Schächten. Für die Sanierung der Halden des Uranbergbaus wurden von der sächsischen Landesregierung größere Fördermittel bereitgestellt. Anfang des Jahres 2008 begannen Sanierungsarbeiten an der Halde 296 in Alberoda und Verwahrarbeiten am Schacht 315 am Zeller Berg, der 1950 für den Uranerzbergbau abgeteuft worden war und zur Zeit etwa sieben Meter tief eingebrochen ist.
Das Forschungsprojekt Regionales Seismologisches Monitoring im Raum Aue-Zwickau, eine Kooperation des Instituts für Geophysik und Geologie an der Universität Leipzig und der Bergakademie Freiberg in Zusammenarbeit mit der Wismut GmbH, befasst sich derzeit schwerpunktmäßig mit der Erfassung und Auswertung von seismischen Ereignissen, die durch die Flutung des ehemaligen Bergbaureviers Aue-Alberoda hervorgerufen werden.
Das Hotel Blauer Engel wurde im 17. Jahrhundert gegründet und gilt als ältestes Gasthaus der Stadt. Nach 1990 wurde das Haus reprivatisiert und bis 1995 umfassend saniert. Ein Mittelturmaufsatz und Stuckzierat brachten etwas von der historischen Gestalt des Gebäudes zurück. Innen wurden die Räume einem höheren Gästekomfort angepasst. Das Restaurant Hutzen Haisel (siehe auch: Hutzenstube) wurde 1969 eröffnet und stand nach 1990 einige Jahre leer. Dann wurde es privatisiert, rekonstruiert, 2006 wiedereröffnet und bietet vor allem einheimische Speisen an. Andere Hotels und Gaststätten, die mit der regen Reisetätigkeit Anfang des 20. Jahrhunderts entstanden waren, wurden geschlossen oder anderweitig verwendet, etwa als Verkaufseinrichtungen, Wohn- oder Geschäftshäuser. In den vergangenen Jahren wurde das Beherbergungswesen vor allem durch Einrichtung von Pensionen und Ferienwohnungen wieder verbessert.
Nach dem Zusammenbruch der DDR wurden viele große Betriebe der Stadt aufgelöst oder verkauft, darunter die Auer Besteck- und Silberwarenfabrik, die Betriebe der SDAG Wismut, Blechbearbeitungsfabriken, Wäschereien und Gießereien. Andere Betriebe wurden privatisiert oder reprivatisiert und durch Rationalisierung und Modernisierung der Anlagen zu marktfähigen Unternehmen ausgebaut. Sie sorgen für Arbeitsplätze und unterstützen die Wirtschaftsleistung der Stadt.
Für seine wirtschaftlich erfolgreiche Tätigkeit wurde der Geschäftsführer der Nickelhütte, Peter Koch, 2005 mit der Ehrenbürgerwürde der Stadt Aue ausgezeichnet. Die Gebrüder Leonhardt GmbH & Co KG Blema Kircheis (Verpackungsmaschinen), die Firma Xetma Gematex GmbH mit ihrer neuen Produktionsstätte in Alberoda (Textilveredlungsmaschinen), die AWEBA Werkzeugbau GmbH Aue (Zulieferer der Automobilindustrie) und die Auerhammer Metallwerk GmbH (1990 vorübergehende Stilllegung, dann Neubeginn mit Flachwalzprodukten, Nickelerzeugnissen) führen die Traditionen des Auer Maschinenbaus fort. Die Auer Textilindustrie etablierte sich nach der Reprivatisierung der Firma Weberei Curt Bauer unter den deutschen Herstellern hochwertiger Tisch- und Bettwäsche wieder.
Fabrikgebäude von stillgelegten Betrieben wurden abgerissen (vor allem an den Ufern der Flüsse) oder für andere Zwecke umgebaut. Nach ihrer Schließung wurde etwa die große Produktionshalle der Textima-Fabrik im Zentrum der Altstadt mit ihrem charakteristischen, etwa 25 Meter hohen Turm, entkernt, denkmalgerecht saniert und zu einem stark frequentierten Einkaufszentrum (Simmel) ausgebaut. Der frühere achtetagige Trockenturm einer Tuchbleicherei wurde um zwei Stockwerke verringert, restauriert und dient als Büro- und Geschäftshaus.
Im Jahr 2008 waren in Aue 13 größere Industriebetriebe, etwa 380 Einrichtungen des Dienstleistungssektors und Handwerks, 64 Arztpraxen, etwa 60 Handelseinrichtungen (Einzelhandel, Handelsketten, Autohäuser) ansässig. Das amtliche Stadtportal nannte zum 31. Dezember 2007 45 Betriebsstätten, 389 Handwerksbetriebe und 230 Gewerbetreibende.