→Hauptartikel: Geschichte der Stadt Aue
Eine 1919 im Auer Tal beim Straßenbau gefundene Steinaxt dient neben den Funden einer Spitzhaue und von Keramikscherben als Beleg dafür, dass in der Jungsteinzeit Menschen das Gebiet auf ihren Wegen ins Böhmische Becken durchstreiften. Eine feste Besiedlung zu diesem Zeitpunkt gilt als ausgeschlossen.
In einer kaiserlichen Urkunde vom 7. Mai 1173 wird die Gründung einer Augustiner-Chorherren-Propstei an der Mulde bestätigt, die als Ursprung der späteren Stadt gilt. Das Gründungsdatum dieser Celle wird als Entstehungszeit der späteren Stadt betrachtet und gilt als Bezugspunkt für Jubiläen.
Der Name Aue leitet sich von der Bezeichnung für die Feuchtwiese am Zusammenfluss von Schwarzwasser und Zwickauer Mulde ab, auf der neben dem Klösterlein Zelle Siedler aus der Herrschaft Schwarzenberg als Bauern sesshaft geworden waren. Dass Bertoldus prepositus de Owa, der 1219 in einer Urkunde als Zeuge im Zusammenhang mit einer Klosterstiftung genannt wird, tatsächlich Propst des Zeller Klosters war und das dortige Aue gemeint ist, ist zweifelhaft. Auch bei der auf 1286 datierten Erwähnung von Awe im Fragment der Naumburger Bistumsmatrikel handelt es sich nicht um die urkundliche Ersterwähnung, da dieses Dokumentenbruchstück aus der Zeit um 1470 stammt. Vermutlich wurde Aue daher erst 1460/62 im Terminierbuch der Zwickauer Franziskanermönche zum ersten Mal urkundlich erwähnt.
Aue entwickelte sich nach seiner Entstehung im Spätmittelalter langsam als kleines Bauerndorf und blieb zunächst ohne größere wirtschaftliche Bedeutung.
Mit der Entdeckung abbauwürdiger Eisenerzgänge an den Hängen des Brünlasberges und im Lumbachtal und dem Abbau von Zinn-, Silber- und Kobalterzen ab dem 15. Jahrhundert wandelte sich Aue zu einem Bergarbeiterort. Kurfürst Johann Georg I. vergab 1627 das Marktrecht für einen Jahrmarkt zu Bartholomäus (27. August) am heutigen Altmarkt, 1632 für einen zweiten, den Katharinenmarkt (25. November) am heutigen Neumarkt. Mit der Vergabe der Marktrechte wurde Aue zur Stadt und seit 1635 in Urkunden und im Wappen als solche bezeichnet. Die Einwohner arbeiteten zumeist als Bauern, Bergarbeiter und Fuhrleute.
Während des Dreißigjährigen Krieges brannten Söldner des Generals Holk aus dem Wallenstein-Heer 1633 das Auer Rathaus mit allen Archivalien nieder. Die Zerstörung des Auer Hammers wurde von den dortigen Schmieden verhindert. Nachdem die Stadt ein weiteres Mal von den kaiserlichen Truppen heimgesucht worden war, war alles „...bis auf drei kleine Häuserlein“ vernichtet. Obwohl bereits 1635 ein Friedensvertrag existierte, zogen danach noch schwedische Soldaten durch das Gebirge und plünderten Aue 1637 und 1639. Veit Hans Schnorr, Gründer des Blaufarbenwerkes Niederpfannenstiel und Besitzer des Auer Hammers, wurde 1648 von herumstreifenden russischen Soldaten gefangen genommen und als Bergbaukundiger in den Ural verschleppt.
Die Stadt war bis ins 17. Jahrhundert mehrfach von im Erzgebirge grassierenden Pestwellen betroffen, u. a. 1599, 1607, 1624–27 und 1633. 1633 starben in Aue 62 Personen an der Seuche. 1624 und 1627 forderten die ansteckenden Krankheiten Ruhr und Blattern Opfer. Erst gegen Ende des 17. Jahrhunderts hatte sich Aue von den Folgen der Kämpfe und Ausplünderungen erholt. Die zerstörten Häuser waren durch neue Gebäude ersetzt worden.
Kriege und Naturkatastrophen führten in der Stadt zu Zerstörungen, wirtschaftlichen Rückschlägen und einer schwankenden Einwohnerzahl, die nicht über 800 Personen hinauswuchs. Nachdem 1661 erstmals Zinnerze in Aue gefunden worden waren, wandelte sich der Charakter der Stadt deutlich. Neben den vorhandenen Eisenerzbergwerken entstanden Zinnerzgruben, neue Pochwerke, Hammerwerke und Mühlen, die die Erze aufschlossen. Die Metalle und Nebenprodukte der Bergwerke wurden teilweise direkt verkauft, teilweise gleich an Ort und Stelle weiterverarbeitet. In Aue und Umgebung waren bald etwa 250 Erzabbaustellen in Betrieb. Viele Bauern arbeiteten nun als Köhler, Bergmänner und Hüttenwerker. Aus anderen deutschen Ländern und benachbarten Staaten kamen Lohnarbeiter in die Stadt, die sich am Heidelsberg eine eigene Siedlung errichteten (siehe Bild).
Beim Abbau eisen- und zinnführender Gesteine wurden auch Erze mit Kobalt-, Nickel- und Wismutgehalt gefördert sowie die „weiße Erde“, später Kaolin genannt. Die Verarbeitung dieser Materialien führte zu neuartigen Produkten und zur Ansiedlung neuer Betriebe vor allem entlang der Fließgewässer. Die Blaufarbenwerke in Pfannenstiel und Oberschlema entstanden, die Kobalt und Wismut erschlossen. Eine neue Legierung aus Kupfer, Zink und Nickel führte zu Argentan (Neusilber), mit dem nichtrostende und preiswerte Bestecke hergestellt werden konnten. Drei Besteckfabriken wurden in Aue gegründet. Außerdem begann die Verarbeitung von Wolle und Baumwolle in Tuchmanufakturen, Bleichanstalten und Webereien. Die Auer Weißerdenzeche St. Andreas erlangte 1711 eine Monopolstellung in Sachsen, da sie per kurfürstlichem Privileg zum alleinigen Lieferanten von Kaolin für die Porzellanmanufaktur in Meißen wurde.
Der Handel mit den vielen neuen Produkten führte zu europaweiten Beziehungen der Auer Fabrikherren und einem ersten wirtschaftlichen Aufstieg. Die Einwohnerzahlen in der Stadt und den umliegenden Dörfern stiegen. 1839 lebten in Aue 1006 Menschen, die zumeist in den neuen Werken, in der Landwirtschaft und als Fuhrleute arbeiteten.
Die sich rasch verbreitenden neuen Antriebstechnologien wie Dampfmaschinen und Elektromotoren führten zur Modernisierung der Produktionsstätten in der Stadt. Sie begünstigten auch die Gründung zahlreicher neuer Industriebetriebe in den bereits vorhandenen Bereichen Eisenverarbeitung, Maschinenbau und Textilindustrie. Mit dem gleichzeitigen Bau von Eisenbahnlinien und den 1879 beginnenden Eingemeindungen umliegender Ortschaften wurde Aue eine der bedeutenden Industriestädte in Sachsen. Die Einwohnerzahlen hatten sich zwischen 1839 und 1895 auf das Achtfache erhöht.
Während des Ersten Weltkrieges wurden zunächst Frauen, später auch Zwangsarbeiter in den Fabriken der Stadt beschäftigt. Nur bestimmte kriegswichtige Erzeugnisse wie Nickel und Eisenbleche wurden in größeren Mengen produziert. Auch infolge der Bereitstellung von Kriegsanleihen und der Inflation verlangsamten sich der industrielle Aufschwung und der dringend nötige Wohnungsbau in Aue.
Zwischen den beiden Weltkriegen bestimmten die politischen und finanziellen Entwicklungen Deutschlands auch das Leben in Aue. Nach der Inflation arbeiteten die meisten Betriebe wieder auf Hochtouren. Die Einwohner wandten sich in der freien Zeit kulturellen Vergnügungen zu, es entstanden Theater, Kinos, Kaffeehäuser, weitere Parkanlagen und auch Vereine.
Die Zeit des Nationalsozialismus führte zur Enteignung jüdischer Handelshausbesitzer, zur Umstellung metallverarbeitender Betriebe auf Kriegsproduktion und zum Zuzug von Flüchtlingen. Am Ende des Krieges erreichte die amerikanische Armee die Stadt Aue, ohne sie zu besetzen. In Umsetzung der Beschlüsse von Jalta zog nach vier Wochen die sowjetische Armee als Besatzungsmacht in Aue ein.
Sechs große Auer Fabriken, die in der NS-Zeit kriegswichtige Güter produziert hatten, wurden nach Kriegsende demontiert und ihre Besitzer enteignet. Ein wirtschaftlicher Neuanfang wurde erschwert. Durch die Uranerzgewinnung für die sowjetische Siegermacht ab 1946 lebte der Bergbau in der Stadt neu auf. Man baute großflächig uranhaltiges Erz ab und machte Aue zur Verwaltungszentrale der späteren SDAG Wismut. Die Bevölkerungszahl vervielfachte sich. Es entstanden neue Wohnviertel in den ehemaligen Randsiedlungen, die städtische Infrastruktur wurde deutlich verbessert. Mit rund 40.000 Einwohnern und dem Status einer Kreisstadt erreichte die Entwicklung von Aue zwischen 1950 und 1970 ihren Höhepunkt. Durch den Rückgang des Uranabbaus wegen abnehmender Ausbeute, wegen der Erschließung ausländischer Vorkommen und der Automatisierung in den Fabriken gingen Arbeitsplatz- und Einwohnerzahl stark zurück. Gegen Ende der 1980er Jahre lebten noch etwa 20.000 Menschen in der Stadt. Das Stadtbild wurde zunehmend von maroden Fabrikgebäuden, Bergbauhalden und trostlosen Wohngebieten bestimmt. → siehe auch: SDAG Wismut
Wie in vielen anderen Städten in der DDR kam es 1989 und 1990 in Aue zu Demonstrationen für gesellschaftliche Veränderungen und die Erneuerung des Staates.
Aue war zunächst Verwaltungssitz des Kreises Aue und ab 1994 Sitz des neuen Westerzgebirgskreises (1995 in Landkreis Aue-Schwarzenberg umbenannt). Bei der letzten sächsischen Verwaltungsreform verlor Aue 2008 den Kreissitz. Als Ausgleich wurde der Stadt der Status Große Kreisstadt verliehen.
Seit 1996 existiert der Städtebund Silberberg, dem neben Aue Schneeberg, Schwarzenberg, Bad Schlema, Lauter und Lößnitz angehören. Das langfristige Ziel ist ein Zusammenschluss zu einer Stadt Silberberg.
Die Einwohnerzahlen sind seit der Wiedervereinigung durch Abwanderung junger Familien und die im Vergleich zu den Geburten höhere Zahl der Sterbefälle rückläufig. Im Jahr 2000 sank die Zahl erstmals unter 20.000 und lag 2008 bei ca. 18.000.
Für das geistliche Leben in vorreformatorischer Zeit waren die Mönche des Augustiner-Chorherren-Stiftes Zelle verantwortlich. Sie besorgten die Gottesdienste und versorgten Kranke im Auer Kirchspiel, das vermutlich im 13. Jahrhundert entstand und auch die Nachbardörfer Bockau (bis 1546) und Zschorlau (bis 1737) umfasste. Im Zuge der Reformation im ernestinischen Sachsen wurde 1529 ein erster lutherischer Geistlicher eingesetzt. Seither ist die evangelische Glaubensrichtung unter den Gläubigen der Stadt am stärksten vertreten. Heute ist Aue Sitz der Evangelisch-Lutherischen Superintendur Aue und verfügt über die beiden Kirchgemeinden Aue St. Nicolai mit der Nicolaikirche und Aue-Zelle mit der Friedenskirche sowie das Sächsische Gemeinschafts-Diakonissenhaus. Daneben existieren in der Stadt eine Gemeinde der Landeskirchlichen Gemeinschaft, die evangelisch-methodistische Kirchgemeinde Aue mit der Christuskirche, die evangelisch-methodistische Kirchgemeinde Aue-Neudörfel mit der Andreaskapelle, eine Siebenten-Tags-Adventisten-Gemeinde und eine neuapostolische Gemeinde.
Nach der Zuwanderung weiterer Arbeitskräfte im 19. Jahrhundert aus dem katholischen Böhmen, Schlesien und Italien wurde 1907 die römisch-katholische Expositur Aue eingerichtet, die neben Aue die Orte Eibenstock, Hartenstein, Johanngeorgenstadt, Zwickau und Zwönitz umfasste, zunächst etwa 4050 Gemeindeglieder hatte und 1915 die Pfarrkirche Mater dolorosa baute. Nach der Verkleinerung der Gemeinde durch die Ausgliederung der meisten eingepfarrten Orte in den Zwischenkriegsjahren erfuhr sie durch den Zuzug von Heimatvertriebenen aus den früheren deutschen Ostgebieten und Bergarbeitern aus Westdeutschland einen erneuten Aufschwung. 2005 hatte die römisch-katholische Kirchgemeinde der Stadt etwa 1500 Mitglieder. Sie umfasst neben der Auer Kirche Mater dolorosa die Filialkirchen St. Pius X. in Schneeberg, die Kapelle St. Joseph in Eibenstock, die Kapelle Kostbares Blut in Schönheide und die katholische Kirche St. Johannis in Lößnitz.
1970 fand in der evangelischen St.-Nicolai-Kirche ein erster ökumenischer Gottesdienst mit den Katholiken statt, der seitdem zweimal jährlich abgehalten wird.
Gegen Ende des 19. Jahrhunderts ließen sich einige jüdische Familien aus Osteuropa in Sachsen nieder, auch in Aue gab es erste jüdische Bewohner. Diese bauten den Warenhandel aus und ließen aus vorhandenen Gebäuden Kaufhäuser, darunter das Kaufhaus Schocken, herrichten. 1925 lebten in der Stadt 29 Juden, was einem Anteil von 1,4 Prozent an der Gesamtbevölkerung entsprach. Im Zuge der antisemitischen nationalsozialistischen Gesetzgebung wurde die jüdische Familie Schocken enteignet und das Kaufhaus in Merkur umbenannt. Die renommierte Baumwollweberei S. Wolle musste wegen ihres jüdischen Gründers nach seinem „arischen“ Besitzer Curt Bauer benannt werden. In der Reichspogromnacht wurde laut Angaben von Zeitzeugen die Schaufensterscheibe eines Wäschegeschäfts in der Wettiner Straße eingeschlagen. Über eventuelle Deportationen liegen keine Dokumente vor.
Einzugsbereiche Aue, Schneeberg, Eibenstock, Schönheide und Lößnitz
aus den Angaben der vorhandenen Kirchengemeinden abgeschätzt